Η λειτουργία του Εργαστηρίου Ενόργανης Ανάλυσης διέπεται και καθορίζεται μέσα από εγκεκριμένο (Γ.Σ.Σ.Θ.Ε.) ειδικό εσωτερικό κανονισμό.Πρόσφατα πραγματοποιήθηκε αναμόρφωση του ανωτέρω κανονισμού που εγκρίθηκε από την Γενική Συνέλευση της Σχολής Θετικών Επιστημών (14/6-12-2010).
Ο αναμορφωμένος εσωτερικός κανονισμός βρίσκεται υπό την τελική έγκριση της αρμόδιας υπηρεσίας του Υπουργείου Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων. Μέσω αυτού καθορίζεται ο τρόπος λειτουργίας του Εργαστηρίου Ενόργανης Ανάλυσης, ενώ ταυτόχρονα καθορίζονται και οι απαραίτητες προϋποθέσεις χρήσης και πρόσβασης των οργανολογικών του υποδομών. Στην συνέχεια παρατίθεται σύνδεσμος για την ανάγνωση του εσωτερικού κανονισμού.